이 건물의 특징은 지붕의 다양한 처리에 있다.
천연슬레이트와 동판으로 마감된 지붕은 우진각
형태와 박공지붕이 혼합된 모습이다.
전면 현관 상부는 완만한 곡선의 아치를 만들고 뒤쪽에 다시 박공벽을 구성하여 높은 지붕면과 박공면이 조화를 이루며 입구성을 강조하고 있다.
반면에 후면은 전면과 같이 좌우측 끝에 낮은 박공지붕을 만들었으나 그 옆에 돌출된 포치(porch: 건물 입구의 지붕이 있는 구조물)를 구성하였으며, 지붕 중앙부에는 벽난로 굴뚝이 올라와 있다.
전라북도 기념물 제87호였던 구군산세관본관은 2018년 8월 사적 제545호로 승격되었다.